Boa tarde Colega,
Obrigado pela sua duvida, pois já me fez ir estudar um pouco.
Partindo do principio que o vinho vendido à companhia é para exportação e que esta mesma companhia está abrangida pelo regime suspensivo de Iva, quem terá sempre de emitir a fatura é o seu cliente, pois as "autofaturações" são para sujeitos sem actividade aberta. ( ex: eu tenho um pinhal e vendo a madeira, mas estou desempregado, aí sim, autofaturação).
Se fosse comigo, perguntava ao seu cliente porque não emitiu a fatura, e tentava entrar em contacto com a contabilidade da companhia de vinhos. Ao emitir a fatura à companhia e isentando-a de Iva ao abrigo deste artº, penso que teremos de ter um suporte em como a mesma se destina à exportação.