Subsídio de Férias após baixa prolongada em 2011- URGENTE

Boa tarde colegas,

perante uma situação em que tenho um empregado que esteve de baixa média desde 2010, trabalhando apenas 2 meses, Março e Abril, em 2011, voltando para baixo e retomando ao trabalho a 10 de Dezembro de 2011, estando ao serviço a 01 de Janeiro de 2012, mas que logo no final do mesmo mês voltou para a baixo, mantendo-se até Julho, tenho de lhe pagar o subsidio de férias por inteiro, só porque esteve ao serviço a 1 de Janeiro, mesmo que num período de 2 anos só trabalhou completos 3 meses?

Ou pago só o equivalente ao tempo trabalhado e a segurança social paga o mesmo?

Atenciosamente


Errata:
"Ou pago só o equivalente ao tempo trabalhado e a segurança social paga o mesmo?" queria dizer:

A segurança paga o restante, através do Mod. RP 5003/2012 - DGSS?