colega
na minha modesta opinião, ele pode ter os programas de faturação que entender, desde que os mesmos se enquadrem na base que o fisco exige.
agora, se ele não acrescentou outro CAE para a nova atividade, não vejo porque não possa usar o mesmo programa de faturação, usando por exemplo uma série para faturar o condomínio e, outra para faturação dos serviços de limpeza e manutenção.
aguarde por outros pareceres.
tiago