Olá,
Depende do que estamos a falar!
Há empresas que processam essas "ajudas de custo" como abono de Km. Como tal, elaboram um mapa de km para justificar a transferência, pelo que não emitem esse valor no recibo. Uma vez que não é tributado em IRS (dentro dos limites legais) nem segurança social, não lhe levanta nenhum problema.
Não sei se será esse o seu caso. É uma questão de ver a que titulo são pagas essas "ajudas de custo".
Cumpts,
IS