Caro Colega:
Anular facturas é algo que hoje em dia não se faz, o que legalmente deve ser feito é o que o colega blackeuro disse, emitir uma nota de credito onde mencione o nº da factura.
Tanto a factura como a nota de credito são documentos independentes logo tem que existir, ou seja nunca eliminar o documento fisico.
Caso arquive as facturas em dossier diferente do das notas de credito, uma vez que a anulação é interna e que a factura nunca saiu das v/ instalações e por questoes de ordem fical relativas ao IVA, sugiro que fotocopie os dois documentos e anexe ao original de um á copia do outro.
Espero ter ajudado
Excelente