No caso que refere, que se trata de uma imputação de custos, acho que a nota de crédito seria mais correto.
No entanto há situações em que o desconto pode vir no recibo. Por exemplo, se o fornecedor diz que em caso de pagamento a 30 dias, o desconto é 5%, se for a 45 dias, é 3%, se for em 15% é 8%. Aqui, aquando da emissão da fatura ele não sabe qual o valor que irá haver de desconto.
Excelente