Valores não coincidentes SAFT/Contabilidade Junho

Estava a comparar os valores que aparecem no "Consultar Valores Totais Faturas" dentro do portal do e-faturas com os lançados na contabilidade, e reparei que num cliente o mês de junho tinha uma diferença de aproximadament e 10.000 euros com o mapa que nos tinha sido enviado pelo cliente e que tinha sido usado para lançar na contabilidade.

Foi então tentar perceber o que se passava e estou a achar isto tudo muito estranho.
No mês de junho no total mensal aparece isto:

Como podem ver, estão ali 407 faturas, no entanto se carregar ai em "ver faturas" e pesquisar só no mês de junho aparecem só 237 documentos (que são faturas e notas de crédito) e que coincide com o mapa que nos foi enviado e com o ficheiro saft que temos em nossa posse e que foi enviado por nós.

Fomos então ver mais alguns clientes e existem diferenças enormes todos no mês de junho.

Edit: a faturação feita por nós e também enviada por saft, que é a nossa e de mais 3 clientes bate toda certa.
Vimos 4 clientes que usam 3 programas diferentes e os 4 tinham diferenças nas casas dos milhares de euros.
Vou agora ver mais clientes a ver se continuam com diferenças.

Alguém sabe de alguma coisa em relação a isto? parece-me que é erro do portal e em princípio vamos contactar a AT.