Contabilistica mente tens 2 hipóteses, lanças na conta a débito de outros gastos com o pessoal (não creio que seja útil encher o plano de contas com uma conta com este propósito) por contrapartida de rendimentos de trabalhos para a própria empresa.
Podes optar por não lançar tais refeições (pois o valor de tal lançamento, se é que podemos chamar assim será nulo, custos e proveitos no mesmo valor), mas o mais correcto, na minha opinião é mesmo lançar, pois haverá implicações tributárias...
Não lançar tais refeições em subsídio de refeição pois não se tipificam como tal, e a existencia das refeições anulam o direito a subsídio de refeição caso haja.
Não se emite factura pois isto não é uma transmissão de bens nem uma prestação de serviços, mas está isento pelo artigo 9º, e não há recebimento de tais valores, contudo será necessário um documento qualquer para fundamentar os valores dos lançamentos e dos valores tributados.
Está isento de IVA pelo CIVA9 "36) Os serviços de alimentação e bebidas fornecidos pelas entidades patronais aos seus empregados;".
Em consequência não podes deduzir IVA das despesas relacionadas com estas operações, então, deve de haver um controlo, tipo apontamentos, ou um documento da registadora que não seja factura (se a registadora for tão evoluída que o permita) das refeições fornecidas nesta situação para que possas fazer a afectação real.
Basicamente, do IVA deduzido, corriges, creditas as contas de IVA dedutível aplicáveis por débito ou da conta de outros custos com o pessoal, ou Impostos-IVA no valor dado pela proporção entre estas refeições e refeições totais.
Pode surgir a dúvida de porque não usas a conta 2434 IVA regularizações em vez de creditar a 243, isto porque este lançamento não é nenhuma regularização (como caracterizada nos artigos CIVA78 e seguintes), é só uma forma simples de calcular o valor correcto que deveria de constar na conta de IVA dedutível.
Em IR, se bem me lembro não há norma que abranja tais situações, então e como isto é um custo que podemos considerar necessários à obtenção do rendimento, pois constitui uma condição de trabalho dos empregados necessários à empresa funcionar, entra como custo normal, não sendo necessário corrigir nada.