Boa tarde
Se o cliente/banco não aceitar uma factura proforma, creio que também não há problema com o CMR, e isto porque no quadro nº 5 do dito CMR que diz respeito a "Documentos anexos", será de mencionar o nº da factura onde estará os 40% , bem como o nº da factura com os restantes 60%, ou seja, menção a dois documentos.
Veja a situação por outro lado, imagine que vende 40 toneladas de produtos para França e que estão todos facturados numa só factura. È natural que nenhum camião leve de uma só vez toda essa quantidade, até porque os transportes internacionais estão limitados por lei a 24 toneladas. Assim sendo, serão feitos vários transportes com vários CMR´S com referência a uma única factura.
Para este exemplo, não tenho duvidas que é assim que funciona pq tenho este caso em concreto.
Cumprimentos e desculpe a resposta tão longa.