Boa tarde,
Só entra na DMR os rendimentos do trabalho. Se a remuneração auferida pelo estagiário/a é processada normalmente, como se fosse um/a trabalhador/a da empresa, sujeito a retenção na fonte de IRS e descontos para a Segurança Social, deve incluí-los na DMR e Declaração da Segurança Social. Não se esqueça de comunicar a admissão na Segurança Social, no entanto deverá contactar a Segurança Social para saber qual o vínculo laboral a atribuir ao estagiário/a. Caso se trate de estágios profissionais do IEFP, o regulamento do estágio normalmente faz referência às obrigações da entidade (empresa que contrata o estagiário/a). Recomendo a leitura atenta do regulamento e que solicite esclarecimento s ao IEFP.
No FCT e FGCT só devem ser incluídos trabalhadores aos quais se aplica o código do trabalho e que têm direito a indemnização quando da cessação do contrato. Os contratos com estagiários (estágios profissionais, p.e.) não contemplam o pagamento futuro de indemnização. Assim, sou da opinião que a empresa não tem que "pagar" FCT e FGCT de estagiários.
Esta é a minha opinião. Espero ter ajudado.