Colega,
Segundo informação disponibilizad a no site
"O valor das entregas ao FCT é apenas afetado pela ocorrência de eventos com impacto na antiguidade do trabalhador e, consequentemen te, no valor da compensação que este venha a ter direito na sequência da cessação do respetivo contrato de trabalho.
Neste contexto, por exemplo, as faltas injustificadas devem ser registadas e diminuem o valor das entregas a efectuar aos fundos. Já as faltas por doença, não afetando a antiguidade do trabalhador, não dão origem a qualquer alteração do valor das entregas a efetuar pelo empregador."
Portanto, a meu ver, tem que continuar a efetuar as entregas do FCT/FGCT.