Depende do programa.
Por exemplo, no primavera pode-se fazer isso, desde que no administrador a empresa esteja configurada como micro-entidade, se assim não for (se a micro-entidade estiver configurada como NCRF) essa empresa tem que ter no modelo 22 o campo da opção pelas NCRF marcado (pois o SAFT vai sair com os códigos das taxonomias das NCRF e portanto o anexo A vai ser feito como NCRF).
Basicamente as taxonomias no primavera tem 2 partes, o plano de contas, que pode ser igual ou diferente para as entidades não ESNL, e tem a configuração, essa tem que ser a correcta.
No entanto no primavera podemos colocar a configuração que quisermos, e trocar à vontade durante o ano, desde que os 2 planos sejam iguais (micro e pequenas entidades+NCRF), e para isso basta cada vez que mexermos nesta configuração refazer a correspondênci a entre as contas e as taxonomias no plano das taxonomias, (a complicação mais relevante é o plano de contas e com eles iguais evita esse problema).