eu contactei as finanças pelo e-balcão que me disseram para alterar manualmente no ficheiro xml mas não sei fazer isso 
Basicamente o xml é uma linguagem por tags como o html
Cabeçalho
<exemplo1>
<exemplo2>
<exemplo3>Dados
</exemplo2>
</exemplo1>
As tags são nomes escritos no meio de <>, "<exemplo1>".
Quase todas as tag´s abertas ("<exemplo1>") tem que ser fechadas, escrevendo a tag com uma barra antes do nome, mas já dentro do <> (</exemplo1>), e quase é a palavra chave ("<exemplo3>").
Pode haver tags dentro de tags.
O cabeçalho não importa, não é para mexer, por isso não falo dele
Uma prática de bons "modos" (que não é seguida por todos os programas por não ser obrigatória) dita que uma tag dentro de outra tag seja escrita ligeiramente mais à direita, por isso é que a <exemplo2> e a <exemplo 3> tem as posições que tem.
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Cada ficheiro de xml tem que ter um documento que fala nas normas de fazer o ficheiro
Por exemplo a portaria do SAFT tem na tabela a seguinte linha
índice do campo: 4.2.3.1.
Obrigatório: *
Nome do Campo: Identificação única do documento de movimentação de mercadorias (DocumentNumber)
Notas técnicas: Esta identificação é composta sequencialment
e pelos seguintes elementos: o código interno do tipo de documento atribuído pela aplicação, um espaço, o identificador da série do documento, uma barra (/) e o número sequencial desse documento dentro dessa série. Não podem neste campo, existir registos com a mesma identificação. Não pode ser utilizado o mesmo código interno de tipo de documento em diferentes tipos de documentos.
Formato validável no XSD: Texto 60
O indice do campo 4.2.3.1 indica que este campo tem que estar dentro da tag 4.2.3, que por sua vez tem que estar dentro da tag 4.2, e por sua vez dentro da tag 4.
Como o obrigatório tem um asterisco esta tag, a 4.2.3.1 tem que estar escrita no SAFT, mas se for ver a tag 4.2.3, ela não tem o asterisco e portanto não tem que estar escrita no saft.
No nome do campo tem Identificação única do documento de movimentação de mercadorias, que é o nome do campo, mas nem este nome, nem o código 4.2.3.1 aparecem no seu ficheiro, isto são apenas notas explicativas teóricas.
No seu ficheiro este dado está escrito na tag com o nome entre-parentisis em inglês, será <DocumentNumber>dado</DocumentNumber>.
A última coluna indica o formato, texto 60, que quer dizer 60 letras, números e alguns símbolos, por exemplo / para escrever os dados correctos.
Nas notas técnicas tem regas necessárias para escrever os dados correctamente.
Atenção que cada autor faz cada esquema xml como quiser, esta é a maneira de ler o SAFT...
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Agora precisa de estudar o quadro anexo da portaria, e precisa de procurar tudo o que tenha a haver com IVA, sei que há uma parte que se chama qualquer coisa do estilo quadro qualquer coisa, para meter as taxas de IVA (parte das coisas estão lá) e precisa procurar a factura em causa, e outra parte estará na factura, e poderá haver ainda outras partes.
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Acho muito estranho que o empregado das finanças tenha dito para alterar o SAFT, basicamente disse para falsificar...
Excelente