Das opções a melhor na minha opinião é lançar tudo na conta de produtos e trabalhos em curso (por exemplo).
Há quem leve a uma 681XX (=Impostos - IVA), o que não está errado, mas na realidade o custo da obra engloba o IVA que não se pode deduzir e portanto o melhor é levar à conta do custo principal.
Ano Novo