Fatura alterada com valores errados etc...URGENTE

Boa noite,

O meu cliente tem um minimercado pelo que emite faturas simplificadas, simultaneament e exerce uma atividade de vendas online, quando fui informar-me à AT, disseram-e que como é ENI e o NIF é o mesmo que as faturas teriam que passar todas pelo programa de faturação da loja, embora não concorde pois são atividades diferentes, mas diferentes pessoas me deram a mesma opinião.

Agora o problema,

Na semana passada ao fazer a fatura que não podia ser simplificada pois era sujeito passivo e ultrapassava os 100€, sem perceber como, o meu cliente emitiu uma fatura simplificada, muito estranha sem querer, passo a explicar.

Tinha no programa a fatura semplificada n.º 4 da venda de um produto da loja a um cliente de março no valor de 0,89, depois sem perceber como, essa fatura n.º 4 foi alterada agora em julho, o mais estranho é que aparece o valor de 0,89, mas no total aparece 129€ e o IVA sobre este valor...em condições normais a fatura de 129€ deveria ter o numero 5168.

Pior ao tentar fazer nota de crédito já só me aparece os 0,89 desaparecem os 129, pelo que não consigo fazer nada no programa dele, também não percebo nada dele.

E agora como vou resolver isto se as faturas de março foram exportadas e agora ao exportar as de julho vai aparecer esta outra vez com o numero da fatura de março mas com a data de julho, e com valores que não tem nada a ver...

Ajudem-me não sei mesmo o que fazer e não percebi como tal foi possível, nem o meu cliente percebe e nem sabe como fez.