Tratamento do iva

Boa tarde,

Um empresário em nome individual, regime simplificado no seu estabelecimento comercial é obrigado a deitar fora muitos produtos fora do prazo de validade, sobre esses produtos exerceu o direito à dedução, para atualizar o stock agora com o novo programa de faturação para dar  saída dos produtos tem que os faturar tal como se os vende-se? por causa do iva, mas depois também ira ser tributado em irs sobre um rendimento que não recebeu.
Qual o procedimento a seguir?

Como disse anteriormente é regime simplificado mas trimestralmente entrega a declaração do IVA, para apurar os valores a inscrever em cada campo tenho que somar tudo manualmente ou existe algum programa que o faça, e se me enganar? como é habitual fazer? são imensas faturas, se alguem conhecer algum programa de preferência gratis que avise.

Obrigada

Os programas de facturação tem mecanismos para abater tais bens, uns tem uns documentos tipo facturas que preenches, outros tem certos formulários que preenches.
Para impostos esqueces, se não tiveres valores esquisitos. são regularizações de existências normais, não são excepcionais, nem são bens de activos fixos e por isso não podes ter abates...