Assinatura nas Faturas emitidas

Estamos aqui com dúvidas em relação à legalidade das faturas em pdf e em papel.
O n.º 10 do art. 36º do CIVA diz:
"10 - As faturas podem, sob reserva de aceitação pelo destinatário, ser emitidas por via eletrónica desde que seja garantida a autenticidade da sua origem, a integridade do seu conteúdo e a sua legibilidade através de quaisquer controlos de gestão que criem uma pista de auditoria fiável, considerando-se cumpridas essas exigências se adotada, nomeadamente, uma assinatura eletrónica avançada ou um sistema de intercâmbio eletrónico de dados."

A informação vinculativa 3550, ponto 19, diz que as faturas em pdf, não serão aceites para efeitos de dedução de iva.

Dúvidas:
- as faturas em papel têm de ser assinadas e carimbadas pela empresa emitente?
- como é que, em caso de fiscalização, as finanças verificam que determinada fatura foi recebida por email?
- há excepções à regra? a tmn, zon e outras enviam as ft em pdf, sem assinatura digital.
- o que significa: "sistema de intercâmbio electrónico de dados"?

"- o que significa: "sistema de intercâmbio electrónico de dados"?"

penso significar, ter acesso às faturas através de um site, acedendo de forma exclusiva através username e password.