Rescisão de contrato- lançamento de fatura/NC

Bom dia colegas,

Precisava da V/opinião no seguinte:
A minha entidade rescindiu contrato com outra entidade e na mesma esta emitiu fatura e mais tarde emitiu a respetiva nota de crédito. A minha dúvida é- a outra entidade não recebeu IVA para liquidar, mas na mesma terá que "liquidar" e deduzir na DP IVA certo? E para tal a minha entidade terá que devolver a NC assinada e carimbada. Ou seja, proceder ao reconhecido da fatura e da respetiva NC certo?