Isentos artº 9 com mais de 100.000€ - Programa certificado?

Boa tarde,

Uma sociedade que esteja isenta de IVA pelo n.º2 do artº 9 do CIVA;
Logo não está obrigada a passar faturas por cada transmissão ou prestação de serviços conforme a alinea a) do n.º 3 do artº 29 do CIVA;

Que tenha mais de 100.000 € de volume de negocios tem de passar a usar programa de faturação certificado conforme o n.º2 da Portaria 340/2013?

A sociedade em questão passa recibos manuais aos seus clientes particulares, mas também passa também algumas faturas manuais (que são comunicadas) a outras sociedades (por pedido delas).

Tenho também dúvida se para o cálculo dos 100.000 € entra só as faturas ou as faturas e os recibos, mas como a portaria fala em volume de negócios, deve ser tudo.

Antes não punha esta questão porque a sociedade em questão não passa mais de 1000 recibos/faturas por ano, mas como isso agora foi revogado, fiquei com esta questão.

Obrigado