Sim poderá deduzir IVA nos termos do código do IVA.
A não liquidação de IVA por parte do prestador de serviços, que não é isenção, está relacionada com a localização das operações.
Como diz, e bem, a sua fatura é emitida sem IVA pois quem deve liquidar o IVA é o adquirente neste caso.
Tenha em atenção que se os serviços estiverem relacionados com um imóvel o IVA deve ser liquidado onde se encontra o referido imóvel.
Espero ter ajudado.
Excelente