Retenção na fonte a não residente

Bom dia,

Uma empresa por lapso efetuou num dos meses retenção na fonte a um colaborador que é não residente como se ele fosse residente, ou seja, reteve irs e ss á taxa do seu agregado familiar e não à taxa liberatória de 25%.

O colaborador saiu da empresa e só depois foi confrontado com esta situação. Como deve proceder? Tem de entregar declaração de irs?

Obg.