Restituição de subsidio de desemprego á segurança social

Boa tarde,
A empresa rescinde com um funcionário sendo mais tarde condenada pelo tribunal a reintegrar o funcionário e a pagar-lhe retribuição vencida relativa aos meses em que ele não esteve ao serviço e, consequentemente a reter irs e Seg social.
Durante os meses em que não esteve ao serviço, o funcionário recebeu subsídio de desemprego.
Esse subsídio de desemprego deve ser descontado pela empresa ao funcionário e deve ser pago (restituído) á Segurança Social.
Como se faz para pagar á segurança social esse valor relativo aos vários subsídios de desemprego? É necessário preencher alguma guia de pagamento? como funciona?
Obrigado pela ajuda.