Passagem d Regime Simplificado para a Contabilidade Organizada

Não precisa de renunciar.

Primeiro tem que declarar os seus rendimentos independenteme nte de tudo o resto.
A "isenção" que tem de IRS por estar isento de IVA pelo CIVA53 é de retenção na fonte, e não do imposto, o significa que nenhum dos seus clientes mesmo tendo contabilidade organizada lhe vão tirar dinheiro quando lhe pagarem os seus honorários para dar ao estado a título de adiantamento de imposto.
Mas a isenção acaba aqui, tem que apresentar a declaração de IRS do ano com os seus rendimentos e vai ter que pagar imposto devido se as contas derem valor a pagar (como não tem retenção na fonte não vai receber reembolso de IRS, o reembolso é quando dá um valor de IRS a pagar e a soma das retenções na fonte e dos pagamentos por conta excedem esse valor).

A informação que colocou é um pouco contraditória, actos isolados não tem CAE, nem podem estar isentos de IVA pelo CIVA53 , e não estão sujeitos a IRS pela contabilidade simplificada (nem pela contabilidade organizada, tem um regime "próprio").
Se está a ver os dados pelo portal das finanças tenha em atenção que se teve uma actividade antiga cessada os dados que está a ver são os dados dessa actividade antiga cessada.