Trabalhador Independente ou ENI

Boa tarde,

Depois de consultar legislação e alguns sites continuo com dúvidas sobre qual a melhor opção, se trabalhadores independentes ou empresários em nome individual (para já não querem abrir empresa).

Agradeço que me informem o que devo aconselhar e o caso é:
Duas pessoas vão trabalhar juntas em áreas de arquitectura e engenharia - cada um passa o seu recibo - no entanto ao cliente final apresentam o valor global do projecto (incluindo valores de construção/decoração/mediação imobiliária...).
1. Para além dos dois CAE/CIRS principais quais os que devem considerar?
2. Com contabilidade organizada?
3. Se for no regime simplificado, no caso das facturas de construção que são de valor superior ao de arquitectura por exemplo, irá ser tributado num valor que não recebe mas que tem de pagar.

Desde já obrigada pela ajuda
Cumprimentos