Iva- Art 16 n6 c)

Boa tarde a todos,
Não sei se está por aí algum colega especialista em iva, mas precisava de uma ajuda, vou explicar e tentar ser clara.
A empresa X, recebe uma factura do seu fornecedor Y. Esta factura vem sem iva ao abrigo do art. 16 n.6 alinea C (As quantias pagas em nome e por conta do adquirente dos bens ou do destinatário dos serviços, registadas pelo sujeito passivo em contas de terceiros apropriadas).
Em anexo a esta factura vem a cópia de uma factura intracomunitária, mas com iva, em nome da empresa X.  O valor facturado por Y a X foi o total desta factura.
Ou seja o fornecedor Y pagou em nome de x, e facturou a este.
Até aqui parece-me tudo bem.
O problema é o seguinte, este valor  foi facturado pela empresa x ao seu cliente K,  com o mesmo artigo e sem iva (art. 16 n.6 alinea C), e o cliente  K diz que não está bem?
Como deve proceder X na sua factura? O que fez está bem?

Espero ter conseguido explicar-me, precisava mesmo que alguém me ajudasse.

Obrigada