Fatura com erro

Boa tarde colegas,

Uma serralharia prestou em setembro um serviço de construções civil (fornecimento e montagem teto num pavilhão), tendo nessa data emitido a fatura com iva. Quando recebi a fatura em Outubro, contatei o fornecedor, tendo este alegado que se tratou de um erro e como já tinha enviado o saf-t já não podia anular a mesma. Então a solução foi emitir no mês de Outubro uma nota de crédito a anular a fatura e emitiu uma nova sem o iva "iva - autoliquidação".
Até aqui tudo correto agora a minha dúvida é a seguinte:
Qual o procedimento mais correto para resolver esta situação: Contabilizar a fatura errada deduzindo o iva e regularizando o iva a favor estado na N/C.
No caso de deduzir o iva será que a AT não vai implicar por deduzir o iva de fatura serviços de construção civil.
Obrigado

Cps

Sim, tem que contabilizar a factura errada, e no mês seguinte a nota de crédito e a factura certa.

Obrigado colega.