Recibo verde para venda de stock

Boa tarde colegas.

Tenho um cliente que irá passar o stock de ENI para a nova Unipessoal que criou, posteriormente irá cessar atividade. A fatura referente a essa transmissão de bens poderá ser feita no portal das Finanças (recibos verdes)?
O material que irá ser faturado será Matérias-Primas, Mercadorias e algum imobilizado.
O nº21 do Art.29 do CIVA aplica-se neste caso?