Substituição IRS - restituição de valor pago

Boa noite!

Venho por este meio solicitar a v/colaboração na seguinte dúvida:

- contribuinte depara-se com IRS enviado incorrectamente e que gerou valor a pagar ao Estado, nesta data já realizou o pagamento da nota liquidação. Pretende-se enviar uma declaração de substituição o mais breve possível, sendo que a nova declaração de acordo com a simulação será com reembolso de IRS. A questão que se coloca é como tem o contribuinte de proceder referente ao valor que pagou de IRS da 1ª declaração ?
Não sei se será necessário o contribuinte apresentar nas finanças pessoalmente algum tipo de reclamação.

Obrigado.
Cumprimentos,
Ana C. Teixeira