Iva e Lucros

Boa Noite a todos,

Não sendo contabilista, mas sendo um gestor de empresa em inicio de actividade, tenho uma dúvida que me está a consumir. Agradeço a vossa ajuda.
Tenho uma empresa de distribuição de bebidas com venda directa ao publico (lojas) e distribuição a grosso a outras empresas/particulares. Compro ao fornecedor x produtos por x valor + IVA 13%. Defino o meu preço de venda sobre x produto baseado no markup desejado, deduzo os descontos e a comissão ao vendedor/comercial, e vendo o produto + IVA 13%. Pergunto: para saber o meu lucro (Valor €) e a margem de lucro (%) devo considerar no calculo os IVA (da compra e venda), ou devo sempre fazer os calculos sem considerar os IVA´s? Desculpem a questão mas esta-me a fazer imensa confusão.
Se quiserem posso colocar aqui exemplos práticos.

Obrigado