Fatura de um fornecedor espanhol com iVA 23%

Colegas,
Solicito esclarecimento para a seguinte questão: tenho que lançar na contabilidade uma fatura de um fornecedor espanhol com IVA a 23%, uma vez que o transporte da mercadoria foi dentro de Portugal.
Inicialmente pensei que fosse um erro, mas parece que o fornecedor tem sede em ESPANHA (que está a faturar). Assim, como é que ao lançar no programa o fornecedor tem IVA espanhol, não vai deduzir e liquidar?
Agradeço vossa ajuda se possível.

Cumprimentos,
A. Santos