Pagamento por conta IRC - 2.º Pagamento (ERRO)

Colegas,

No ano de 2017, uma empresa efetuou o primeiro PPC em julho, mas em setembro, ao emitir a guia para pagamento da 2.ª prestação o valor introduzido esteva incorreto e como não dá para corrigir ou anular a guia foi emitida uma nova.
Infelizmente, ao emitir a nova guia o sistema da AT considerou automaticamente como sendo a 3.ª prestação e sem me aperceber, efetuei o pagamento dessa guia.
Agora, a empresa foi notificada da instauração de um processo de contra-ordenação por falta de pagamento da 2.ª prestação do PPC, sendo que a coima ronda os 9.500,00 €...
Parece-me óbvio que a AT deveria aceitar a explicação da situação e corrigir o pagamento sem aplicação da coima, por outro lado, no CIRC apenas refere que devem ser efetuados por conta nos meses de julho, setembro e dezembro, tendo sido o caso, pelo que o facto da guia de setembro referir 3.ª prestação é apenas um pormenor, mas se a AT insistir em aplicar a coima, como deverei contestar?

Obrigado pela atenção.

Boa tarde Colegas,

Agradecia a v/ ajuda para este assunto.
Se alguém tiver algum tipo de experiência nesta matéria muito agradecia a ajuda.

Cumps

Boa tarde colegas,

tenho o mesmo problema, por lapso a empresa não transferiu valor suficiente para liquidar a totalidade do 2º PC, e agora não percebo se tenho que emitir nova guia, se posso simplesmente realizar a transferência do valor em falta através da mesma referência para pagamento... E não consigo encontrar resposta para essa dúvida em nenhum lugar.
Alguém consegue ajudar?
Obrigada!