Bom dia,
Não sei se vou a tempo atendendo a que a pergunta já foi postada a 4 de Fevereiro, no entanto vou expressar a minha opinião.
A partir de 2013 deverá emitir uma factura ao transportador e averiguar se a operação que denomina "danos causada em mercadoria" se é de facto uma indemnização ou uma contra prestação de serviços,ou seja:
a)são tributáveis em IVA, as indemnizações que tenham subjacente uma prestação de serviços, e que possam configurar uma contraprestaçã o a obter do adquirente,
b)se a indemnização não tem subjacente uma transmissão de bens e prestação de serviços, não é abrangida pelas normas de incidência do IVA.
Quanto ao texto a mencionar partindo do pressuposto que se enquadra na alínea b), a factura não tem IVA, poderá optar como o colega anterior mencionou "não mencionar", poderá "equiparar" esta indemnização as que são declaras judicialmente e assim utilizar o Artigo 16 alínea 6 a) do CIVA l ou por último mencionar ao não sujeição de IVA de ao abrigo do artigo 68 da LGT, caso se baseie em despachos.
Excelente