Processamento dos duodécimos, quando trabalhador esta de baixa

Com a nova legislação dos duodécimos, queria saber como se processa nas baixas. Se o trabalhador estiver de baixa, não se processa nada, só depois quando voltar ao serviço e só o que tiver direito pelos meses efectivos de trabalho? Isto é, tanto o sub. de natal como o de férias, será pago só pelo tempo efectivo de trabalho? É que tinha a ideia que isso só se aplicava ao sub. de natal, mas que ao sub. de férias têm de receber sempre todo, pela empresa, porque lhe adquiriram o direito ao dobrar o ano. O sub. natal é que poderiam requerer à seg. social, respeitante ao tempo da baixa.
Gostaria que me esclarecessem esta dúvida, se possível.

Tendo iniciado o dia com uma duvida idêntica, ou seja um funcionário que está de baixa desde à x tempo mas que esteve todo o mês ausente por baixa médica, mantém o direito a receber o subsídio de férias seja ele em duodécimo ou não, mas o mesmo já não se passa com o subsídio de natal (até aqui não tenho duvidas) e nesse caso põe-se o seguinte problema:
- o mesmo funcionário que não trabalhou o Janeiro deixa de ter direito ao valor de 1 mês do subsídio de natal, ou seja se voltar ao trabalho em Fevereiro passar a ter direito a 11 meses do subsídio de Natal, o problema põe-se em como processar isto dado que o pagamento por duodécimo tende a implicar que neste caso os 11 meses de direito deveriam ser diluídos em 12 meses.
Resultado penso que posso ter tirado uma duvida e lançado outra ... Bom trabalho.