Encerramento na Contabilidade Organizada/Regime Fiscal Simplificado

Boa tarde, Colegas
Será que alguém pode ajudar-me.

Estou a fazer um encerramento de uma contabilidade de um cliente, sujeito passivo de IRS, que está enquadrado por opção no Regime de Apuramento do Lucro com base na contabilidade organizada, contudo encontra-se no regime de tributação simplificado.
A minha questão tem a ver com a contabilização dos incentivos, uma vez que está a desenvolver quatro projectos em simultâneo. Como deverei proceder:

1- Reconhecer os incentivos na contabilidade com base nas regras da contabilidade organizada, ou seja na proporção das amortizações, ou
2- Reconhecer os incentivos atendendo às regras do regime simplificado, em partes iguais durante cinco anos.

Desde já agradeço a quem me possa dar umas luzes sobre o assunto. Muito obrigado.