Diferenças em existencias

Boa tarde

É a primeira vez que ponho uma questão neste foram que é a seguinte:
Como devo fazer pois  na contabilidade está metida uma fatura de compra  de mercadoria  feita  em Dezembro 2015, só que no programa de faturação essa mesma fatura só foi lançada em Janeiro 2016 e por esse motivo o inventario   comunicado a AT não inclui esta mercadoria,  não é possível lançar esta fatura no programa em 2015. Perante o exposto qual o valor que utilizo para encerramento  o inventario comunicado AT ou o valor real pois vai haver uma diferença entre o que foi comunicado e o que realmente existe.