Recuperação IVA

Bom dia a todos,

Tenho em mãos um processo de recuperação de IVA com um "problema".

A factura emitida que se encontra em dívida (sobre a qual o cliente pretende recuperar o IVA) foi emitida com uma taxa de IVA "x", no entanto, no ano seguinte foi emitida uma NC a anular parte deste valor mas que contém uma taxa de IVA superior à da fatura (à conta da mudança de ano).

A minha dúvida prende-se com o facto do valor em dívida final (e sobre o qual vai incidir a recuperação do IVA) conter um valor da fatura com uma taxa e um valor da NC com uma taxa superior.

Como devo proceder? Solicitar ao cliente que anule a NC emitida? Considerar que a NC foi emitida com uma Taxa igual à da fatura?

Obrigado pela atenção dispendida.