IVA nos portes de envio, vendas online

Precisava da V/ajuda tenho 1 cliente com loja on-line que faz aquisições intracomunitarias com portes de envio isentos de iva, em Portugal faz as vendas com portes de envio, mas a mercadoria vem diretamente de Espanha para o consumidor final em Portugal. A duvida é se os portes a faturar ao cliente final do meu cliente para os consumidores finais, são isentos de iva?

Recebemos este pedido por via pessoal, agradeço participação de todos.