IVA - Autoliquidação

Boa tarde Colegas.
Gostaria de obter esclarecimentos para a seguinte situação:
Determinado sujeito passivo de IRC, cujo objecto social é Construção Civil - Obras Públicas e Privadas, enquadrado no Regime Geral de IVA, emitiu em Setembro passado, facturas a um outro sujeito passivo de IRC, cujo objecto social principal é Compra, Venda e Arrendamento de Bens imobiliários, igualmente enquadrado no Regime Geral de IVA, nas quais procedeu à liquidação de IVA à taxa normal.
Vem agora o adquirente dos serviços solicitar correcção das referidas facturas, dado que as mesmas deveriam ter sido emitidas com a menção de IVA - Autoliquidação.
Como deverá e poderá o prestador de serviços proceder contabilisticamente à correcção de ditas facturas e quais os movimentos a operar em sede de IVA, nomeadamente na declaração trimestral deste imposto?
Obrigado.

Na minha opinião, o seu cliente deverá emitir nc das faturas incorretas, regularizando o iva anteriormente liquidado, e emitir novas faturas com iva autoliquidação.

Bom dia Colega. Agradeço a informação.
Contudo outra situação que subjaz à questão em análise é a de que o adquirente já liquidou no ano passado as referidas facturas. Ora a anulação das mesmas com emissão das respectivas notas de crédito e emissão de novas facturas onde conste a autoliquidação de imposto, terá que ser feito já este ano, relativas a um serviço prestado no exercício económico passado. Fazer este processo datado por exemplo de Dezembro de 2018, compromete o ficheiro saft daquele mês, já remetido para o e-factura em Janeiro deste ano. Não teria que ser enviada uma declaração de substituição do IVA relativa ao 3.º trimestre do ano passado, altura em que as facturas foram emitidas? E como conciliar estes movimentos de exercícios económicos distintos? Obrigado.

O adquirente deduziu o iva pelas faturas antigas e com as NC de 2019 irá regularizar o iva que deduziu anteriormente. Com as novas FT irá deduzir e liquidar.
Não é possível emitir agora documentos com data de 2018. Tem de emitir com data de 2019 e especializar os movimentos em 2018. Não há lugar, na minha opinião a substituição de iva, porque os documentos serão emitidos em 2019.
A única questão que vejo pendente é que, em 2018 faturou por exemplo 20.000,00 + iva = 24.600,00 e agora irá emitir nc de 24.600,00 e nova FT de 20.000,00. Ou seja, se o adquirente pagou 24.600,00 ao seu cliente, ficará com um valor em crédito de 24.600,00...

http://info.portaldasfinancas.gov.pt/pt/informacao_fiscal/informacoes_vinculativas/despesa/civa/Documents/INFORMA%C3%87%C3%83O.8404.pdf