Contrato de arrendamento por comodatário

Caros colegas,

A filha da minha patroa tem uma casa que cedeu através de contrato de comodato para a empresa explorar como alojamento local. Após a experiência deste ano, viu-se que não estava a compensar e que seria mais vantajoso alugar ao ano, com contrato. Uma vez que é do interesse que continue a ser a empresa a explorar, fez-se uma adenda ao contrato de comodato autorizando o arrendamento de médio/longo prazo. A questão que se coloca agora é: os contratos de comodato já não são registados nas Finanças, não se paga IS, mas o de arrendamento sim. Como seria feito o registo deste contrato nas Finanças, uma vez que está em nome da empresa comodatária e não do proprietário? Já estive na página da AT na parte do registo, dá para inserir o imóvel manualmente, mas tenho receio de submeter e sair uma asneira das grandes! Alguém com conhecimento de algo parecido ou experiência? Obrigada.