Faturas por conta de transitários

Bom dia colegas,

Pela primeira vez estou a trabalhar com transitários e venho solicitar que me ajudem a entender o seguinte:
Uma empresa de transporte aéreo passa fatura de 100 euros à empresa A.
Um transitário passa fatura do mesmo serviço à empresa A com a descrição "pagamentos por conta" e solicita o pagamento justificando com o nº16, artº6 do CIVA.

A empresa fica com duas faturas do mesmo serviço, sendo que uma serve de suporte à outra, lançando contabilisticamente apenas a do transitário a quem irá efetuar o pagamento, estará correto assim?