A partir de 1 de Janeiro de 2013, a Portaria 22-A 2012 define também como obrigatória a Certificação de software para volume de facturação a partir de €100.000 inferior pode passar factura simplificada manual. O Decreto-Lei n.º 197/2012, passa a permitir que os sujeitos passivos, emitam faturas simplificadas nas transmissões de bens efectuadas por retalhistas a particulares quando o valor da factura seja inferior a 1000€, bem como em quaisquer outras transmissões de bens e prestações de serviços de montante não superior a € 100, neste caso quer os adquirentes sejam sujeitos passivos ou particulares.
Passa a ser obrigatório comunicar à AT todos os documentos de facturação emitidos, até ao dia 08 do mês seguinte à emissão do documento. Esta comunicação poderá ser efectuada à AT por transmissão electrónica em tempo real, integrada em programa de Facturação através de webservice; através do envio do ficheiro SAF-T (PT) mensal, ou por inserção directa dos dados da factura no Portal das Finanças;