Novas regras de facturação e a Auto-facturação

Boa noite,

com a alteração das regras de facturação tenho duvidas em relação à seguinte situação:

1) - uma empresa que tenha comprado um programa e tenha feito desenvolvimentos internos tem de certificar o programa?
2) - uma empresa com um software desenvolvido internamente pode efectuar auto-facturação, nao sendo o programa certificado?
3) - uma empresa que efectue auto-facturação quem deve efectuar a comunicação das facturas às finanças?

obrigado,

nando