A gerência da firma tem que atribuir valores aos bens, baseado no que eles valem, e lança-se na contabilidade por esses valores, os 2.000,00 euros de diferença, como é negativo lançaria em ganhos em imobilizações.
Se ainda tiver a tempo considere a opção de "esquecer" a venda..., considere em transferir os bens gratuitamente, pois não será tributado nem em IRS, nem em IRC e talvez nem em IVA (nesta do IVA tenho quase a certeza, mas quase não é bem ter...).