Pode processar em dias separados se o vencimento de tal prémio tenha ocorrido em dias separados, mas tal é inútil para os efeitos pretendidos, pois os processamentos do IRS só são autonomizados nos casos estabelecidos, estilo subsídio de férias, por exemplo.
Não estou a ver nada que permita autonomizar prémios, (pode haver, não é a minha área...) mas assim, se estiver correcto, por exemplo, processa dia 15 de Janeiro 1000 euros de prémio, processa dia 31 de Janeiro 505 euros de salário, assim no conjunto dos dois processamentos, em 31 de Janeiro tem que ter retenções sobre 1.505,00 euros, à taxa correspondente de 1.505 euros.
Excelente