Bom dia,
Por norma, consideramos como base os 30 dias independenteme nte de o mês do processamento ter 28/29 ou 31 dias.
Exemplo: No mês de julho, considera de base os 30 dias, desconta os dias de baixas por doença/incapacidade decorrente de acidente de trabalho/licenças de paternidade do período de 01/07/20xx a 31/07/20xx, posteriormente desconta as restantes faltas do período de 21/06/20xx a 20/07/20xx (inclusivé).
As faltas do período de 21/07/20xx a 31/01/20xx serão descontadas no mês de Agosto.
Isto tudo, para quem faz o processamento de salários, dispor, antecipadament e, de informação que lhe permita efetuar o cálculo. De forma a evitar enviar DMR retificativas (embora possa existir essa necessidade).
Do que tenho conhecimento, e por experiência própria, o mais completo software de processamento de salários é o uManGlobalHR da empresa uManXpert.
Espero ter ajudado de alguma forma.