Olá colega,
Quando tive uma situação dessas, fiz assim:
Pelo adiantamento: factura com indicação adiantamento referente ao orçamento nº X
Posteriormente quando se tirou o valor que faltava: tirei uma factura onde descriminava o orçamento e numa linha coloquei a negativo o valor do adiantamento. Assim deu-me o valor exacto que ainda faltava facturar e liquidar o IVA.
Envio em anexo um parecer sobre adiantamentos que lhe pode ser útil
Excelente