Guias da AT ilegais?

Portaria Portaria n.º 340/2013
Anexo a que se refere o artigo 3.°

"4 — Para efeitos do disposto no n.° 1, consideram -se
também programas de faturação os programas que emitam
apenas guias de transporte ou de remessa, que sirvam de
documento de transporte, de acordo com o disposto no
regime de bens em circulação, aprovado pelo Decreto -Lei
n.° 147/2003, de 11 de julho."

Até esta hora o programa da própria AT não é certificado e segundo a portaria teria que o ser.
A Autoridade Tributária está acima da Lei, não devia de cumprir as mesmas regras que os outros.
Um documento passado por um software ilegal, será legal?