Forma de envio de Faturação no e-fatura

Um Contribuinte que tem como atividade principal CAE 56301-Cafés e acrescentou como atividade secundaria CAE 01251- cultura de frutos, isto porque pretende vender umas alfarrobas, a questão que coloco é que a faturação do café é enviada por meio de ficheiro SAFT-T e se poderá passar uma fatura em papel e fazer o envio manualmente da venda das alfarrobas??
O correto era ser emitida fatura também de forma a fazer ficheiro??

Ola colega,

eu acho que não há necessidade de complicar, cria um serie diferente no software e envia saft é o mais simples.