Nos caos que conheço, é sempre o responsável da sociedade (gerente), que faz o registo na Conservatória, já que tem que assinar o respetivo impresso da requisição.
Efetuam os pagamentos com meios da empresa e pedem o recibo em nome da mesma.
No seu caso, não sei como se passou, mas não devem ter pedido os recibos em nome da sociedade, senão teriam sido emitidos.
Cprs
FC