Regime de tributação de paletes de madeira e contentores de plástico

Boa tarde colegas,

Trabalho numa indústria de fabrico de papel, ou seja, que se destina à produção de sacos de papel, caixas de cartolina e de cartão canelado grosso.
Os fornecedores entregam as bobines de papel/cartolina devidamente acondicionados em paletes de madeira e os fornecedores de cola, entregam em contentores de plástico.
Estou com uma dúvida relativamente ao regime de tributação das madeiras e dos plásticos.
Temos um cliente que nos compra as paletes de madeira e também os contentores de plástico, que segundo ele, faz a limpeza dos materiais e o que não estiver "bom", descarta e o que estiver "bom" vende aos seus clientes.
Devemos faturar em ambas as situações, pelo regime de IVA Autoliquidação?
Após várias leituras que fiz (Informações Vinculativas), dado que a madeira não está elencada na lista do Anexo E do CIVA, achei que teriam de se faturar as paletes de madeira com IVA. Contudo, como fiquei com dúvidas, liguei para as finanças e o Sr. que me atendeu, disse que ambos os materiais eram para a empresa considerados como resíduos, logo que teria de emitir uma fatura isenta, com a descrição de IVA Autoliquidação.

(Não sei se vos acontece, mas comigo é frequente ligar para as finanças e obter duas informações diferentes para o mesmo tipo de assunto.....).

Se me puderem ajudar agradeço, pois fiquei com dúvidas